Merit 2003-ban kereste fel az észt rendőrség, azzal vádolva őt, hogy felelős 251 észt Hiiuma-szigetre történt deportálásáért, amelyet 1949-ben hajtott végre. 2007-ben népirtással vádolták meg Merit, aki azt elismerte, hogy részt vett a deportálásokban, de a felelősséget tagadta.

Arnold Meri – aki jelenleg az Észt Antifasiszta Liga elnöke – természetesen politikai okot sejt az ellene megindított per hátterében (ha már nem sejthet fasiszta ármányt nem sejthet szegény): „azért akartak elítélni, mert valaha szovjet állampolgár voltam, ezért nem tudtak, most egy másik indokot találtak”. A tárgyalásra mintegy hetven, a deportálásokat túlélő tanút kívántak beidézni, ennek fele sem jelent meg.

Az 1939-ben kötött Hitler-Sztálin paktum titkos záradékában Németország Észtországot a Szovjetuniónak engedte át, ugyanebben az évben megjelentek az ország területén az első szovjet katonai bázisok. A moszkvai széleskörű háborús fenyegetések hatására 1940-ben bábkormányt erőltettek Észtországra, majd a Szovjetunióhoz csatolták.

Közvetlenül a második világháború hadi cselekményinek észt területekre jutása előtt bebörtönöztek és a Szovjetunióba deportáltak 10 000 szovjetellenes tevékenységgel vádolt észtet. Az 1941. nyarán Észtországot elfoglaló német egységek 1944-ig megszállva tartották az országot. Ugyanezen év őszén az előrenyomuló vörös hadsereg elől Svédországba, Finnországba és Németországba menekült több ezer észt család. 1949-ben Moszkva az emberi jogokat, de saját törvényeit is figyelmen kívül hagyva Szibériába deportált több, mint 20 000 embert, többségükben nőket és gyerekeket. A szovjet-ellenes belső ellenállás az '50-es évekig folytatódott az észt erdőségekben.

A sztálini terror végének megegyezéssel az 1956-os évet tartják: ebben az évben kezdődött meg a Szibériába deportáltak tömeges visszatérése Észtországba.