Az RMDSZ kormányra kerülése után feszült légkör alakult ki az EMEF két szervezete között. Tőkés László bírálta az RMDSZ-t, amely szerinte kiszolgáltatja az erdélyi magyarokat a román pártpolitikának, mert – mint fogalmazott – 180 fokos fordulatot végrehajtva az új román kormány „húsosfazekai körül tolong”. Markó Béla kifogásolta az EMNT részéről elhangzott nyilatkozatokat.

Az EMEF marosvásárhelyi ülése után Markó Béla a sajtó képviselői előtt hangsúlyozta: bár vannak véleménykülönbségek, abban egyetértés van a két szervezet között, hogy keresni kell az együttműködés útjait. Ennek szellemében közösen készítenek elemzést a kisebbségi törvénytervezetről, a tanügyi reform kérdéséről és a decentralizáció problémáiról is.

Markó szerint a legnagyobb véleménykülönbségek a kormányzati szerepvállalással kapcsolatosak. Amikor egy kisebbségi szervezet úgy dönt, hogy cselekvően részt vesz a román belpolitikában, természetesen számol a kormányzás lehetőségével és eszközeivel is – mondta Markó, aki szerint az RMDSZ kormányzati szerepvállalása a sajátos közösségi célkitűzések megvalósításához is hozzájárul. „E tekintetben nem értünk egyet az EMNT-vel, ők ellenzékben szeretnének látni minket, míg meggyőződésem, hogy az erdélyi magyarok túlnyomó többsége támogatja az RMDSZ kormányzati részvételét” – szögezte le az RMDSZ elnöke.

Tőkés László is fontosnak nevezte az együttműködést. Az RMDSZ közleménye szerint úgy foglalt állást, hogy erősíteni kell a magyar összefogást, a nézetkülönbségek ellenére folytatni kell a párbeszédet a nemzetpolitikai célok megvalósítása érdekében. Mint fogalmazott, nem örül az RMDSZ kormányzati részvételének, de sok sikert kíván a szervezetnek ahhoz, hogy megvalósíthassa közösségi célkitűzéseit. Az EP-képviselő közölte: a két szervezet képviselői februárban folytatják az egyeztetést.