A rendszerváltást követő, több hullámban lezajló, súlyos anomáliákkal terhelt privatizációs folyamat eredményeként azonban végül az összes gyár külföldi tulajdonosok kezébe került, akik 1997-től 2009-ig a 12 gyárból 11-et bezártak. Mára egyedül a kaposvári cukorgyár maradt csak talpon, amely a hazai szükségleteknek mindössze egyharmadát állítja elő.

A cukoripar privatizációja az 1990-es évek legelején megkezdődött. Cukorgyáraink a közép-európai térségben jó állapotúnak számítottak, répatermesztési adottságaink kitűnőek, répatermelőink pedig felkészültek, tapasztaltak voltak. További hatalmas vonzerőt jelentett, hogy Nyugat-Európában 1968-tól egy úgynevezett zárt „cukorrezsim” működött, amely meghatározta, hogy mennyit lehet termelni és mennyiért, illetve mekkora az exportálható termékmennyiség; az olcsó importtól pedig az ottani piacokat megvédték a vámok. Mindez kiemelkedően vonzóvá tette a külföldiek számára a magyarországi befektetést. Ezzel párhuzamosan az 1990-es évek elején felpörgő infláció és a kereslet csökkenése jelentős finanszírozási gondokat okozott a hazai cukorágazatban.

A privatizáció első hulláma 1990-től 1993-ig zajlott le. Az Állami Vagyonügynökség (ÁVÜ) az óriási külföldi érdeklődés ellenére a legnagyobb és legkorszerűbb gyárak (Petőháza, Kaposvár, Hatvan, Selyp, Szolnok, Szerencs, Kaba, tehát összesen 7 üzem) tőkeemeléses privatizációja mellett döntött. A konstrukció szerint a tőkeemelés fejében a Magyar Állam a 25 százalék plusz egy szavazatnyi tulajdonrész mellé odaadta a vállalatok teljes irányítási jogkörét is(!), valamint a fennmaradó állami tulajdonrészekre elővásárlási jogot biztosított a külföldi befektetőnek. Ennek következtében:

· az első privatizációs hullámból gyakorlatilag semmilyen közvetlen bevétele nem volt az államkasszának,
· az irányítási jogok átadásával teljes mértékben kiszolgáltatta a legjobb gyárainkat és velük együtt a magyar piac körülbelül 70 százalékát a külföldi tulajdonosoknak.

A fenti módon privatizált 7 gyár három külföldi cég kezébe került: Agrana (osztrák-német érdekeltség; Petőháza és Kaposvár), Beghin Say (francia érdekeltség; Hatvan, Selyp, Szolnok, Szerencs) és Eastern Sugar (angol-francia érdekeltség; Kaba).

1993-ra tehát a tizenkettőből csupán öt cukorgyár (Sárvár, Ács, Ercsi, Sarkad, Mezőhegyes) maradt állami tulajdonban és állami irányítás alatt. Az ÁVÜ 1993-as egyik belső jelentése szerint a többi gyárban tulajdonrészt és irányítási jogot szerzett multik teljes mértékben összehangoltan léptek fel, azzal a szándékkal, hogy a maradék öt magyar tulajdonú gyárat bekebelezzék vagy megfojtsák. (...)