1964-1970 között Szegeden és Délkelet-Magyarországon volt vezető rabbi. 1970-ben a sorozatos rendőri zaklatások után felfüggesztették állásából. Ezután 1971 és 1985 között az Akadémia kiadó felelős szerkesztője volt, majd 1985-től ismét rabbiként dolgozhatott, 1996-tól pedig budapesti főrabbiként. Raj Tamás első diplomáját az Országos Rabbiképző Intézetben szerezte, majd a másodikat a József Attila Tudományegyetemen.

Raj Tamás egyházi munkája mellett tanított 1986-1991 között a pécsi Janus Pannonius Tudományegyetem, majd 1986 és 1995 között az Országos Rabbiképző Intézet vallásfilozófia szakán. 1991 és 1999 között a Miskolci Bölcsész Egyetem judaisztikai tanszékvezető professzoraként tevékenykedett. 1991-től a Keresztény-Zsidó Társaság elnökségi tagja volt, 1990 és 1994 között pedig az SZDSZ országgyűlési képviselője. 1995-től 2005-ig a Lauder Javne zsidó Közösségi Iskola judaisztikai vezetője volt és közben igazgatója a Makkabi kiadónak.

A főrabbi 1998-ban Scheiber Sándor -díjat kapott, 2003-ban pedig Budapest Belváros-Lipótváros díszpolgárává avatták.

Eddig tart a "Független" Hírügynökség híre.

Az a jelentéktelen apróság – minden bizonnyal a véletlen folytán – kimaradt, hogy, azon túl, hogy az elhíresült 1967-68-as szegedi cionista ifjúsági szervezkedés egyik vezetőjeként meghirdette a magyarellenes „Nem asszimilálódunk!” mozgalmat, Raj állambiztonsági besúgó volt: 1986. november 18-án szervezte be a BM III/III-1-c osztályáról Sebestyén Gábor r. hadnagy az egyházi reakció elhárítására.

Titkos megbízotti minősítést ért el „Seres” ügynök, és egészen 1990. január 3-ig szolgálta a kádári állambiztonsági rendszert.

Aztán az SZDSZ elindította országgyűlési képviselőjelöltként. Egyéni választókerületében (Bp. 10. sz.) megbukott, de az SZDSZ bevitte országos listáján az első szabadon választott „magyar” országgyűlésbe, ahol szemrebbenés nélkül lett az emberi jogi, vallási és kisebbségi állandó bizottság tagja, s természetesen az Interparlamentáris Unió magyar-izraeli baráti tagozatának elnöke.